Οι προτεραιότητες της ΚΕΕ διαμορφώνονται όπως παρακάτω:

• Η ουσιαστική συμμετοχή των Επιμελητηρίων στην χάραξη και υλοποίηση της οικονομικής πολιτικής, μέσω της υποβολής σχετικών γνωμοδοτήσεων από την ΚΕΕ σε κάθε οικονομικού περιεχομένου θέμα ή νομοσχέδιο.
• Η ενεργός συμμετοχή στις λειτουργούσες Επιτροπές, τις οποίες δημιουργεί η Πολιτεία και οι διάφοροι κρατικοί φορείς και αφορούν την οικονομική δραστηριότητα. Η συμμετοχή αυτή θα αφορά στη διατύπωση κοινών θέσεων και μελετημένων προτάσεων για αποτελεσματικότερη παρέμβαση στις αποφάσεις και επιλογές που αφορούν τα μέλη της.
• Η άμεση υλοποίηση του θεσμού του Γενικού Εμπορικού Μητρώου, που αποτελεί πάγιο αίτημα των παραγωγικών τάξεων της χώρας, με τη δημιουργία Κεντρικής Υπηρεσίας Γενικού Εμπορικού Μητρώου στην ΚΕΕ.
• Η ενεργός παρουσία της ΚΕΕ στο εξωτερικό και ιδιαίτερα στο χώρο της Ευρωπαϊκής Ένωσης, της Νοτιοανατολικής Ευρώπης και της Ανατολικής Μεσογείου. Η προώθηση των σχέσεών της με τις εθνικές ενώσεις των Επιμελητηρίων των περιοχών αυτών και ειδικότερα η στενή συνεργασία και δραστηριοποίησή της στα πλαίσια της Ενώσεως των Ευρωπαϊκών Επιμελητηρίων (Eurochambers) και της Ένωσης Βαλκανικών Επιμελητηρίων (Association of Balkan Chambers).
• Η ανάπτυξη ενός μόνιμου και σταθερού δικτύου επικοινωνίας και συνεργασίας στο εξωτερικό, μέσω της λειτουργίας του Αντιπροσωπευτικού Γραφείου της ΚΕΕ και των ελληνικών Επιμελητηρίων στις Βρυξέλλες, προκειμένου να καταστεί δυνατή η προσφορά καλύτερων υπηρεσιών στα μέλη της και κατ΄ επέκταση στις ελληνικές επιχειρήσεις, για την βελτίωση του επιχειρησιακού περιβάλλοντος, στο οποίο δραστηριοποιούνται και την καλύτερη πρόσβασή τους στα διάφορα χρηματοδοτικά μέσα.
• Η καλύτερη προσαρμογή στους κανόνες και στα νέα δεδομένα της ενιαίας ευρωπαϊκής αγοράς, μέσω της βελτίωση της ανταγωνιστικότητας των επιχειρήσεων, καθώς και την απαλλαγή τους από άκαμπτους επιβαρυντικούς κανονισμούς.
• Η μεγιστοποίηση και πλήρης αξιοποίηση του δυναμικού των μικρομεσαίων επιχειρήσεων για την απασχόληση, την ανάπτυξη και την ανταγωνιστικότητα.
• Η ανάληψη από την ΚΕΕ συντονιστικού ρόλου για την προβολή της επιχειρηματικότητας και την καλύτερη προετοιμασία των νέων, μικρών και μεσαίων, επιχειρηματιών.
• Η διεύρυνση του ρόλου και των δραστηριοτήτων των Επιμελητηρίων στο χώρο της επαγγελματικής εκπαίδευσης.
• Η ανάθεση στην ΚΕΕ ενεργότερου ρόλου στην απορρόφηση κοινοτικών κονδυλίων, προσέλκυσης ξένων επενδυτών, διεύρυνσης εξαγωγών και διάχυσης της πληροφόρησης.
• Η θεσμοθέτηση μηχανισμών άμεσης αντιμετώπισης τρεχόντων προβλημάτων των επιχειρηματικών τάξεων με στόχο την επιτάχυνση της αναπτυξιακής διαδικασίας.